Opće je poznato je da fiziološku floru usne šupljine sačinjavaju stotine različitih vrsta bakterija. Mnoge kliničke studije dokazale su da od 400 tinjak bakterija pronađenih u ustima i zubnim džepovima, najviši patogeni potencijal za razvoj teških i progresivnih bolesti parodonta ima tek nekoliko njih.

Posljednjih godina u liječenju parodontitisa sve se veća važnost pridaje upotrebi molekularne dijagnostike u identifikaciji pojedinih paradontopatogenih bakterija, čije je prekomjerno razmnožavanje uvelike za služno za destrukciju potpornih zubnih struktura, a kasnije i implantata.